Rượu dừa phụ thuộc rất nhiều vào tính tự nhiên của lớp vỏ và lớp cơm dừa tự nhiên vì thế bất tiện cho việc bảo quản lâu. Phụ thuộc vào nhiệt độ nơi bảo quản mà trái dừa có thể giữ được nhanh hay lâu. Nhiệt độ càng nóng, rượu dừa dễ dẫn đến bay hơi (Hao rượu). Thời gian bảo quản từ ba tháng tới một năm, tùy thuộc vào nhiệt độ xung quanh. Tốt nhất là được giữ trong nhiệt độ tám độ C.